Скорее всего стоит неверный признак предмета расчета у самого товара, у Вас скорее всего 1. Товар, а для маркированной продукции должно быть 33. ТМ.
Но РМК может это сама исправлять, для этого в Настройка программы \ 54 ФЗ надо поставить галочку "ФФД 1.2 корректировать признак предмета расчета".